Oddelek za kmetijsko ekologijo in naravne vire je nastal leta 2013 ob reorganizaciji Kmetijskega inštituta z namenom okrepiti raziskovalno, strokovno in svetovalno delo inštituta na področju reševanja kmetijsko - okoljskih problematik.
Področja dela zajemajo trajnostno rabo kmetijskega prostora, ohranjanje kakovosti in rodovitnosti kmetijskih zemljišč, problematiko izpustov in ponorov v kmetijstvu, zmanjševanje vplivov kmetijstva na podzemne in površinske vode, varovanje naravnih virov (tal in voda) in pestrosti, integrirano varstvo pred pleveli in škodljivci, delovanje in ekologijo FFS ter geoinformatiko tal in okolja.
Zavzemamo se za povezovanje raziskovalnih in strokovnih ustanov in služb v Sloveniji in tujini ter za neposredno podporo kmetijskim pridelovalcem in gospodarstvu, državni upravi, okoljevarstvenikom in izobraževanju.