Virologija

Znaki okužbe z virusom šarke na koščici marelice

Znaki okužbe z virusom šarke na koščici marelice

Znaki okužbe z virusom šarke na plodu breskve

Znaki okužbe z virusom šarke na plodu breskve

Znaki okužbe z virusom šarke na listih slive

Znaki okužbe z virusom šarke na listih slive

Znaki okužbe z virusom šarke v plodovih sliv

Znaki okužbe z virusom šarke v plodovih sliv

Znaki okužbe z virusom šarke na plodovih sliv

Znaki okužbe z virusom šarke na plodovih sliv

Dodajanje inokuluma PSTVd v substrat rastlin paradižnika cv. Sheyenne

Dodajanje inokuluma PSTVd v substrat rastlin paradižnika cv. Sheyenne

Strokovno delo

  • Diagnostika virusnih okužb
  • Uradno spremljanje virusov in viroidov
    • PPV
    • ToRSV in nepovirusi
    • RBDV
    • GPGV
    • PSTVd
  • Spremljanje izbranih gospodarsko pomembnih virusov
  • Analize virusnih okužb za potrebe certifikacijskega organa
    • vinska trta
    • sadno drevje
    • krompir
  • Izdelava ocen tveganja
  • Izdelava strokovnih mnenj

Raziskovalno delo

  • Določanje novih virusov in njihova karakterizacija
  • Epidemiologija virusov in viroidov
  • Raziskave virusov jagodičevja
  • Preučevanje interakcij med virusi in gostiteljskimi rastlinami
  • Preučevanje interakcij med virusi in prenašalci
  • Raziskave pojavljanja nekroz na krompirjevih gomoljih po okužbi s PVY
  • Iskanje virov odpornosti na virusne okužbe (PPV)
  • Raziskave fiziologije rastlin v povezavi z virusnimi okužbami

 

Nadzori virusov in viroidov 

Šarka, ki jo povzroča Plum pox virus (PPV), je gospodarsko najpomembnejša virusna bolezen koščičastih sadnih vrst. Pri zelo občutljivih sortah  lahko okužba s PPV povzroči popolno izgubo pridelka in popoln propad dreves, pri manj občutljivih pa vpliva predvsem na količino in kakovost plodov. PPV je uvrščen med karantenske organizme na  seznam II.A.2 direktive 2000/29/ES.  Sistematični nadzor virusa šarke poteka v Sloveniji od leta 1998. Od leta 2000 usmerjamo sistematični nadzor PPV v proizvodnjo sadilnega materiala, torej v pregledovanje varovalnih pasov in ogroženih območij ter obvezno testiranje sadik in matičnih dreves gostiteljskih rastlin.  Posebno pozornost namenjamo tudi testiranju razmnoževalnega materiala koščičarjev ob uvozu oz. vnosu na ozemlje Slovenije. Osnova za izvajanje sistematičnega nadzora je Pravilnik o ukrepih za preprečevanje širjenja in zatiranje šarke, ki jo povzroča virus Plum pox virus (Uradni list RS, št. 18/02, 48/04, 68/05, 30/07 in 83/09). Ta natančno določa obveznosti in odgovornosti pridelovalcev ter drugih imetnikov gostiteljskih rastlin, nadzornih organov in strokovnih inštitucij. Ukrepi so oblikovani tako, da varujejo in ohranjajo domačo (slovensko) drevesničarsko pridelavo, obenem pa z zelo visoko stopnjo zanesljivosti zagotavljajo pridelavo neokuženega razmnoževalnega materiala in sadik  ter tako ščitijo tudi potrošnika, tj. kupca.

Results of the systematic survey and control of Plum pox potyvirus in Slovenia

Sistematični nadzor šarke v Sloveniji v letih 1998 - 2005

Viroid, ki povzroča vretenatost krompirjevih gomoljev (Potato spindle tuber viroid – PSTVd), je škodljivi organizem s seznama I.A.I direktive 2000/29/ES. V letu 2006 so potrdili njegovo prisotnost na Nizozemskem, na  okrasnih rastlinah iz rodu Brugmansia in iz rodu Solanum, kar je bila prva najdba okužbe s PSTVd na teh okrasnih rastlinah.  V letih 2006 in 2007 so okužene rastline iz rodov Solanum in/ali Brugmansia našli tudi v nekaterih drugih državah Evropske unije. Leta 2007 so Nizozemci poročali  o najdbi PSTVd na Streptosolen jamesonii, Francozi pa na rastlinah iz rodov Petunia, Capsicum in Pseudocapsicum. Kasneje so potrdili okužbe s PSTVd  tudi na Physalis peruviana, Calibrachoa sp. , Datura sp.,  Cestrum spp. in Dahlia sp. V Sloveniji smo potrdili prvo okužbo s PSTVd 27. oktobra 2006, na okrasni rastlini Brugmansia (Datura) suaveolens, ki je izvirala iz nizozemske vrtnarije. PSTVd je zelo nevaren za krompir in paradižnik, saj lahko razpolovi pridelek, pri obeh gostiteljih pa se z dotikom in orodjem zelo hitro prenaša iz okužene na zdravo rastlino. Komisija Evropskih skupnosti je zato 12. junija 2007 sprejela »Odločbo komisije o ukrepih za preprečevanje vnosa viroida vretenatosti krompirjevih gomoljev v Skupnost in njegovega širjenja v Skupnosti«, v kateri je predpisala tudi raziskavo o prisotnosti ali stalni odsotnosti PSTVd v državah članicah EU. V Sloveniji smo v ta namen že konec leta 2006 uvedli posebni nadzor viroida vretenatosti krompirjevih gomoljev. V letu 2010 smo v okviru tega nadzora na S. jasminoides potrdili okužbo s CEVd (Citrus exocortis viroid) in na petunijah okužbo s TCDVd (Tomato chlorotic dwarf viroid). Ta dva viroida in tudi vsi drugi predstavniki iz rodu Pospiviroid, z izjemo IrVd 1 (Iresine viroid 1), lahko  povzročajo hude izgube v pridelavi pomembnih kmetijskih rastlin, zato smo v začetku leta 2011 izdelali oceno tveganja za vse predstavnike iz rodu Pospiviroid. Služila je kot osnova za pripravo odločbe, ki določa ukrepe za preprečevanje vnosa in širjenja viroidov iz rodu Pospiviroid v Sloveniji. Izdaja odločbe je bila potrebna, saj razen PSTVd in CSVd (Chrysanthemum stunt viroid) viroidi iz rodu Pospiviroid v Evropski skupnosti niso uvrščeni med karantenske organizme. CSVd je  uvrščen  na seznam II.A.2 direktive 2000/29/ES in je karantenski škodljivi organizem samo za rastline iz rodu Dendranthema (Chrysanthemum) za saditev, razen semena.

Termodinamična napoved sekundarne strukture  nukleotidnega zaporedja PSTVd, potrjenega na pepinu (S. muricatum) v Sloveniji (NCBI GenBank oznaka: HQ454932)

 

Določitev in karakterizacija virusov ter viroidov

Virusi  in viroidi sodijo med najmanjše organizme, ki povzročajo bolezen. So tako majhni, da jih ne moremo videti s pomočjo optičnega mikroskopa, povzročajo pa lahko hude izgube količine in kakovosti pridelka ter celo popoln propad rastlin. Nekateri virusi in viroidi na določenih gostiteljskih rastlinah ne povzročajo navzven vidnih znakov okužbe. Govorimo o latentnih okužbah oz. milih okužbah: pridelovalci ne opazijo znamenj okužbe ali pa jih pripišejo drugim vzrokom. Tudi taki virusi in viroidi lahko imajo negativen vpliv na agronomsko pomembne lastnosti rastlin, še pomembnejši pa so zato, ker so vir okužbe za občutljive gostiteljske rastline.

V naravi ne moremo določiti vrste virusa in viroida samo na osnovi znakov okužbe, zato so potrebne različne laboratorijske tehnike. V laboratoriju za virologijo se poslužujemo tako klasičnih tehnik, kot je uporaba testnih rastlin, kot seroloških in molekularnih metod ter metode elektronske mikroskopije. Razvijamo in preverjamo učinkovitost novih metod, kot so RT-PCR v realnem času, LAMP…  Povezujemo se s podjetji, ki razvijajo nove metode, navzoči smo na terenu in sodelujemo s pospeševalno službo.

Vpeljali smo številne metode detekcije za različne viruse in viroide, v primeru neznanega povzročitelja bolezni pa po potrebi vpeljemo nove:

Total RNA extraction method and Prunus species influence the detection of Plum pox potyvirus by real-time RT-PCR

Development and inter-laboratory evaluation of real-time PCR assays for the detection of pospiviroids

V Sloveniji smo prvič potrdili navzočnost številnih virusov in viroidov. Med najpomembnejše dosežke prav gotovo sodi odkritje virusa grmičavosti in pritlikavosti malin (RBDV – Raspberry bushy dwarf virus) na rastlinski vrsti izven rodu Rubus, in sicer na vinski trti.

 

Proučevanje epidemiologije virusov in viroidov

Proučujemo razširjenost različnih virusov, njihovih različkov in viroidov v slovenskem prostoru, v okviru mednarodnih in bilateralnih projektov pa tudi v drugih državah. Obenem proučujemo variabilnost populacij virusov v Sloveniji, širjenje virusov s pomočjo prenašalcev, kot so kaparji, nematode, čmrlji … in odkrivamo nove gostiteljske vrste.

VARIABILITY OF POTATO SPINDLE TUBER VIROID ISOLATES FROM ORNAMENTAL HOSTS IN SLOVENIA
RAZNOLIKOST SLOVENSKIH IZOLATOV PPV (PLUM POX VIRUS)
KAPARJI - PRENAŠALCI VIRUSOV VINSKE TRTE NA PRIMORSKEM

V okviru bazičnega raziskovalnega projekta smo v letih 2000–2004 v okuženih nasadih koščičarejv zbrali in analizirali 811 vzorcev rastlinskih vrst izven rodu Prunus iz 73 rodov. Rezultate serološkega testiranja smo preverjali  z molekularnimi tehnikami (RT-PCR) in okužbo potrdili v po  enem vzorcu novih gostiteljskih rastlin Covolvulus arvensis in  Viola sp. V Solanum nigrum je Mazyad s sodelavci (1992) že pred tem potrdil prisotnost virusa šarke po mehanski inokulaciji, mi pa smo prvi potrdili okužbo s PPV v tej rastlini v naravnih razmerah (Viršček Marn in sod., 2005).

 

Proučevanje interakcij med gostiteljskimi rastlinami, virusi oz. viroidi ter prenašalci

V okviru mednarodnega projekta EUPHESCO smo preizkušali prenos Potato spindle tuber viroida (PSTVd) preko korenin paradižnika in s čmrlji iz s PSTVD okuženih  petunij na neokužen paradižnik. V obeh poskusih nismo potrdili prenosa.

No transmission of Potato spindle tuber viroid shown in experiments with thrips (Frankliniella occidentalis, Thrips tabaci), honey bees (Apis mellifera) and bumblebees (Bombus terrestris)

Mechanical transmission of Potato spindle tuber viroid between plants of Brugmansia suaveoles, Solanum jasminoides and potatoes and tomatoes 

 

Proučevanje vpliva virusov in viroidov na gostiteljske rastline s kmetijskega, genetskega in biološkega aspekta

Ugotavljamo vpliv okužbe z virusi in viroidi na gostiteljske rastline. Tako smo npr. v okviru projekta Raziskave mehanizmov razvoja nekroz na gomoljih krompirja po okužbi z virusom Y ugotavljali vpliv različnih temperatur skladiščenja in fiziološke starosti gomoljev na razvoj nekrotičnih znakov, ki jih povzroča na gomoljih krompirjev virus PVYNTN.  Visoke temperature skladiščenja so spodbudile nastanek nekroz na gomoljih. Podaljšanje skladiščenja pri nizkih temperaturah je povzročilo zamik nastajanja nekroz na gomoljih in zmanjšalo število gomoljev z nekrozami. Če so bili gomolji skladiščeni na nizki temperaturi vsaj 21 tednov, po njihovi prestavitvi na visoko temperaturo na površini nismo našli nekroz.

V letih 2001 in 2002 smo proučevali vpliv okužbe z virusom šarke (Plum pox virus, PPV) na pridelek breskev in ugotovili, da se je pridelek v povprečju znižal za 17 %.

Zanima nas tudi vpliv okužbe na spremembe v celicah in v izražanju genov.

Project presentation: Microarray studies of mechanisms in development of necrosis on potato tubers due to potato virus Y infection

 

Izdelava ocen tveganja 

V začetku leta  2011 smo izdelali oceno tveganja za vse viroide iz rodu Pospiviroid za Slovenijo. Ocenili smo, da predstavljajo latentne okužene okrasne rastline, pri katerih smo ugotovili precejšnjo okužbo z viroidi iz rodu Pospiviroid,  potencialno veliko nevarnost za slovensko kmetijsko pridelavo. Izpad pridelka, ki bi ga lahko povzročila okužba s PSTVd in drugimi pospiviroidi na krompirju, paradižniku in papriki  v Sloveniji, bi predstavljal resno grožnjo ekonomičnosti kmetijske pridelave na številnih kmetijah in imel poleg ekonomskih tudi socialne ter okoljske posledice.

 

Priprava rešitev za probleme v kmetijstvu, ki nastajajo zaradi okužb z virusi in viroidi

Naša najpomembnejša naloga je preprečiti širjenje virusov in viroidov ter zaradi njih nastale škode. Tako smo npr. v okviru CRP-projekta »Reševanje problematike ustaljenih karantenskih bolezni sadnih vrst Prunus spp. za ohranitev pridelave« izdelali predlog za vrednotenje imunosti, odpornosti oz. tolerantnosti sort koščičastih sadnih vrst proti  PPV v Sloveniji. Obenem iščemo vire odpornosti  oz. tolerantnosti na PPV v populaciji brkinske slive.  V okviru drugega projekta smo ugotovili, da skladiščenje krompirja 21 tednov, pri temperatur 4 oC, prepreči nekroze, ki nastanejo zaradi okužbe s krompirjevim virusom YNTN, in ki močno znižujejo njegovo kakovost.

 

 

 


Naša spletna stran uporablja piškotke, ki se naložijo na vaš računalnik. Ali se za boljše delovanje strani strinjate z njihovo uporabo?

Več o uporabi piškotkov

Uporaba piškotkov na naši spletni strani

Pravna podlaga

Podlaga za obvestilo je spremenjeni Zakon o elektronskih komunikacijah (Uradni list št. 109/2012; v nadaljevanju ZEKom-1), ki je začel veljati v začetku leta 2013. Prinesel je nova pravila glede uporabe piškotkov in podobnih tehnologij za shranjevanje informacij ali dostop do informacij, shranjenih na računalniku ali mobilni napravi uporabnika.

Kaj so piškotki?

Piškotki so majhne datoteke, pomembne za delovanje spletnih strani, največkrat z namenom, da je uporabnikova izkušnja boljša.

Piškotek običajno vsebuje zaporedje črk in številk, ki se naloži na uporabnikov računalnik, ko ta obišče določeno spletno stran. Ob vsakem ponovnem obisku bo spletna stran pridobila podatek o naloženem piškotku in uporabnika prepoznala.

Poleg funkcije izboljšanja uporabniške izkušnje je njihov namen različen. Piškotki se lahko uporabljajo tudi za analizo vedenja ali prepoznavanje uporabnikov. Zato ločimo različne vrste piškotkov.

Vrste piškotkov, ki jih uporabljamo na tej spletni strani

Piškotki, ki jih uporabljamo na tej strani sledijo smernicam:

1. Nujno potrebni piškotki

Tovrstni piškotki omogočajo uporabo nujno potrebnih komponent za pravilno delovanje spletne strani. Brez teh piškotov servisi, ki jih želite uporabljati na tej spletni strani, ne bi delovali pravilno (npr. prijava, nakupni proces, ...).

2. Izkustveni piškotki

Tovrstni piškotki zbirajo podatke, kako se uporabniki vedejo na spletni strani z namenom izboljšanja izkustvene komponente spletne strani (npr. katere dele spletne strani obiskujejo najpogosteje). Ti piškotki ne zbirajo informacij, preko katerih bi lahko identificirali uporabnika.

3. Funkcionalni piškotki

Tovrstni piškotki omogočajo spletni strani, da si zapomni nekatere vaše nastavitve in izbire (npr. uporabniško ime, jezik, regijo) in zagotavlja napredne, personalizirane funkcije. Tovrstni piškotki lahko omogočajo sledenje vašim akcijam na spletni strani.

4. Oglasni ali ciljani piškotki

Tovrstne piškotke najpogosteje uporabljajo oglaševalska in družabna omrežja (tretje strani) z namenom, da vam prikažejo bolj ciljane oglase, omejujejo ponavljanje oglasov ali merijo učinkovitost oglaševalskih akcij. Tovrstni piškotki lahko omogočajo sledenje vašim akcijam na spletu.

Nadzor piškotkov

Za uporabo piškotkov se odločate sami. Piškotke lahko vedno odstranite in s tem odstranite vašo prepoznavnost na spletu. Prav tako večino brskalnikov lahko nastavite tako, da piškotkov ne shranjujejo.

Za informacije o možnostih posameznih brskalnikov predlagamo, da si ogledate nastavitve.

Upravljalec piškotkov

Kmetijski inštitut Slovenije