Žlahtnjenje ima na inštitutu dolgoletno tradicijo, saj je bilo od leta 1947 vzgojenih 36 sort krompirja, trav, detelj, fižola, zelja in pšenice. Pri vzgoji novih sort dajemo prednost odpornosti proti boleznim in škodljivcem, večji kakovosti ter prilagodljivosti slovenskim pridelovalnim razmeram.