Kmetijski inštitut Slovenije vodi, zastopa in predstavlja direktor, ki je poslovodni organ s petletnim mandatom. Upravni odbor je organ upravljanja, ki imenuje in razrešuje direktorja, komisije in druga delovna telesa, sprejema splošne akte, strategijo razvoja, programe dela in poročila inštituta, odloča o zadevah gospodarske in materialne narave itd. Znanstveni svet je strokovni organ, ki obravnava in podaja mnenja o pravilnikih, programih, poročilih in drugih aktih, izvaja izvolitve v nazive ter usmerja razvoj raziskovalnega in strokovnega dela na področjih delovanja Kmetijskega inštituta Slovenije.
Direktor: prof. dr. Andrej Simončič
Upravni odbor
Upravni odbor KIS je v mandatnem obdobju 2026–2030 konstituiran v sestavi:
- dr. Antoaneta G. Kuhar, predsednica,
- mag. Anita Jakuš, namestnica predsednice,
- doc. dr. Primož Simončič, predstavnik iz vrst uporabnikov KIS oziroma zainteresirane javnosti,
- prof. dr. Emil Erjavec, predstavnik iz vrst uporabnikov KIS oziroma zainteresirane javnosti.
Znanstveni svet
Znanstveni svet KIS je v mandatnem obdobju 2026–2030 konstituiran v sestavi:
- prof. dr. Andrej Simončič, direktor KIS,
- prof. dr. Marjeta Čandek Potokar, predsednica,
- dr. Jaka Razinger, namestnik predsednice,
- dr. Peter Dolničar, član,
- dr. Maja Kožar, članica,
- dr. Klemen Lisjak, član,
- dr. Barbara Pipan, članica,
- dr. Janez Prešern, član,
- dr. Špela Velikonja Bolta, članica.