Kmetijski inštitut Slovenije vodi, zastopa in predstavlja direktor, ki je poslovodni organ s petletnim mandatom. Upravni odbor je organ upravljanja, ki imenuje in razrešuje direktorja, komisije in druga delovna telesa, sprejema splošne akte, strategijo razvoja, programe dela in poročila inštituta, odloča o zadevah gospodarske in materialne narave itd. Znanstveni svet je strokovni organ, ki obravnava in podaja mnenja o pravilnikih, programih, poročilih in drugih aktih, izvaja izvolitve v nazive ter usmerja razvoj raziskovalnega in strokovnega dela na področjih delovanja Kmetijskega inštituta Slovenije.
Direktor: prof. dr. Andrej Simončič
Upravni odbor
Upravni odbor KIS je v mandatnem obdobju 2026–2030 konstituiran v sestavi:
- dr. Antoaneta G. Kuhar, izvoljena iz vrst zaposlenih na KIS,
- Primož Simončič, predstavnik iz vrst uporabnikov KIS oziroma zainteresirane javnosti,
- mag. Anita Jakuš, predstavnica iz vrst uporabnikov KIS oziroma zainteresirane javnosti ter
- prof. dr. Emil Erjavec, predstavnik iz vrst uporabnikov KIS oziroma zainteresirane javnosti.
Znanstveni svet
Znanstveni svet KIS je v mandatnem obdobju 2022–2026 konstituiran v sestavi:
- prof. dr. Andrej Simončič, direktor KIS
- prof. dr. Marjeta Čandek-Potokar, predsednica***
- dr. Kristina Ugrinović, namestnica predsednice***
- dr. Barbara Gerič Stare**
- dr. Matej Stopar
- dr. Špela Velikonja Bolta
- dr. Maja Kožar
- dr. Vladimir Meglič*
- dr. Jaka Razinger*
*od 18. 5. 2023 po sklepu direktorja, skladno z novim Statutom Kmetijskega inštituta Slovenije
**do 22. 1. 2024: predsednica
***od 22. 1. 2024