Diagnostika ogorčic

V nematološkem laboratoriju opravljamo identifikacije vrst ogorčic na podlagi morfoloških, biokemijskih in genetskih značilnosti.

Morfološke analize ogorčic potekajo s pomočjo sodobnih svetlobnih mikroskopov. Posamezni vrsti ogorčic določimo morfometrijske parametre, ki so značilni za to vrsto. Na podlagi izmerjenih in vizualno določenih parametrov ogorčicam določimo vrsto.

Prednji del ličink Globodera spp.                   Spolno-analni del samice Meloidogyne spp.

Zaradi velikega števila vrst in večje morfološke podobnosti med njimi je pri ogorčicah priporočljivo določiti vrsto še z dodatno neodvisno metodo. V te namene se poslužujemo biokemijskih (analiziramo izoencime in celokupne proteine s pomočjo elektroforeze) in genetskih pristopov (najpogosteje analiziramo ITS-regijo ribosomalne rDNA ali mitohondrijsko mtDNA s pomočjo različnih molekularnih metod kot so: PCR, PCR v realnem času, PCR-RFLP in z določanjem nukleotidnega zaporedja).

Elektroforegram izoencima esteraza za vrsto Meloidogyne sp.

Metoda izoencimske gelske elektroforeze

Izoencimi malat dehidrogenaza (MDH) in esteraza (EST) so pri ogorčicah koreninskih šišk vrstno specifični. Za identifikacijo uporabljamo sveže izolirane samice, iz katerih izoliramo celokupne proteine in jih ločimo s pomočjo proteinske elektroforeze. Po končani elektroforezi z encimsko reakcijo obarvamo lise MDH in EST ter jim določimo migracijske koeficiente. Za referenco uporabimo elektroforetski vzorec M. javanica.

Poleg določanja vrst ogorčic naročnikom tudi svetujemo o primernih načinih nadzora in obvladovanja škodljivih vrst ogorčic.